В начале января в лаборатории ПЦР ГК Алкор Био завершились испытания на Omicron in vitro разработанной здесь в 2020 году тест-системы «Интифика SARS-CoV-2». Полученные данные показали, что набор реагентов «Интифика SARS- CoV-2» детектирует новый штамм во всех исследованных образцах.
Руководитель лаборатории ПЦР ГК Алкор Био Анастасия Лисок:
«Нам удалось провести проверку на реальных образцах, положительных на SARS-CoV-2 и охарактеризованных как Omicron методом секвенирования. Все мишени детектируются с одинаковой эффективностью. Наличие описанных мутаций не оказывает влияния на диагностические характеристики набора».
Стоит отметить, что по некоторым данным в Санкт-Петербурге в настоящее время около 50 % положительных образцов приходится именно на Omicron.
Напомним, что ещё в ноябре, до выявления в Санкт-Петербурге пациентов, заразившихся этим новым штаммом, в Группе компаний Алкор Био (разработка и производство тест-систем и оборудования для лабораторной диагностики) методами компьютерного анализа in silico оперативно был проведён анализ влияния мутаций, характерных для этого штамма, на выявление РНК вируса SARS-CoV-2 с использованием набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2» производства ГК Алкор Био.
Руководитель лаборатории ПЦР ГК Алкор Био Анастасия Лисок:
«Тогда мы использовали открытые данные по нуклеотидной последовательности генома нового штамма коронавируса, и методами компьютерного анализа in silico сравнили их с нуклеотидными последовательностями участков-мишеней для определения коронавируса, используемых в нашем наборе. Анализ показал, что мутации нового штамма не затрагивают эти мишени».
ГК Алкор Био в своём ПЦР тесте на SARS-CoV-2, как и многие производители, использует в качестве мишеней регионы ORF1ab и N субгеномной РНК вируса. Но вирус мутирует, этому способствует его высокая контагиозность и быстрое распространение. Есть риск, что изменчивость приведёт к потере чувствительности тест-систем, существующих на рынке сегодня. Поэтому, изучив геномные базы данных, разработчики ГК Алкор Био добавили третью мишень - ORF8. Этот локус – отличительная особенность вируса SARS-CoV-2, и у других коронавирусов, вызывающих ОРВИ человека, он либо отсутствует, либо сильно изменён.
Таким образом, набор реагентов «Интифика SARS-CoV-2» производства ГК Алкор Био с использованием трех SARS-CoV-2-специфических мишеней можно применять не только в качестве основного для выявления вируса SARS-CoV-2, но и в качестве подтверждающего, если, скажем, у лаборанта, работающего на других тест-системах, возникают сомнения в достоверности того или иного результата.
Ранее на предприятии был проведён анализ in vitro для оценки штаммов, распространённых на территории Российской Федерации, и такой анализ показал, что мутации в данных штаммах не затрагивают районы, детектируемые с помощью набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2». Проверка коснулась следующих штаммов:
- Британского (VOC Alpha 202012/01 GRY (B.1.1.7));
- Бразильского (VOC Gamma GR/501Y.V3 (P.1));
- Индийского (VOC Delta G/478K.V1 (B.1.617.2));
- Московского (B.1.1.523);
- Нигерийского (VOI Eta GR/484K.V3 (B.1.525));
- Северо-Западного (АТ.1).
Дополнительно был проведён анализ in silico для оценки штаммов вируса SARS-CoV-2, которые имеют широкое распространение в других странах и могут быть завезены на территорию Российской Федерации:
- Южно-Африканского (VOC Beta GH/501Y.V3 (P.1));
- Калифорнийского (VOI Epsilon GH/452R.V1 (B.1.429+B.1.427/CAL.20C));
- Бразильского (VOI Zeta GR/484K.V2 (P.2));
- Филиппинского (VOI Theta GR/1092K.V1 (P.3));
- Американского (VOI Iota GH/253G.V1 (B.1.526));
- Индийского (VOI Kappa G/452R.V3 (B.1.617.1));
- Перуанского (VOI Lambda GR/452Q.V1 (C.37)).
Новость опубликована:
Тест-система «Алкор Био» доказала свою эффективность при выявлении омикрона (madeinrussia.ru)
ПЦР - тест ГК Алкор Био для диагностики SARS-CoV-2 проверили на Omicron in vitro (inpharm.ru)
http://www.medlinks.ru/article.php?sid=99712
ПЦР - тест ГК Алкор Био для диагностики SARS-CoV-2 проверили на Omicron in vitro. // Advis.ru