АЛЕКСАНДР ПАВЛОВ: «ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С ДРУГИМИ РЕЗИДЕНТАМИ— ХОРОШЕЕ ПОДСПОРЬЕ»
Для коллектива Sequoia genetics, резидента биомедицинского кластера «Сколково», форум «Открытые инновации» стал важным шагом на пути к амбициозной цели — клинической апробации нового метода диагностики тяжелых наследственных заболеваний у новорожденных. В прошлом году Sequoia genetics запустила проект «Персонализированная геномная диагностика», нацеленный на создание в России информационной среды для анализа персональных геномов. В 2013 году с проектом «Неонатальная NGS- генодиагностика» эта команда из Петербурга победила в конкурсе на присуждение гранта «Сколково» за лучший проект среди резидентов, входящих в кластер биомедицинских технологий.
Вокруг стойки Sequoia genetics в дни «Открытых инноваций» было особенно многолюдно. Научный руководитель стартапа Александр Павлов объяснил такую популярность разработок его команды тем, что посетители форума имели возможность принять участие в организуемом компанией интерактиве. «Посетители стенда могут пройти необходимые процедуры идентификации и создания карты пациента в ЛИМС (лабораторная информационная медицинская система), затем сдать образец своей ДНК из слюны. Мы секвенируем его и ищем маркеры нескольких наследственных заболеваний, которые вошли в наше диагностическое решение — «Неонатальная NGS-генодиагностика». Затем отчет загружается в личную историю болезни, откуда придет уведомление, что пациент может ознакомиться с результатами. Раньше такое исследование могло стоить тысячи долларов и длиться месяцами, сейчас же мы пытаемся это сделать доступным для массового использования в рамках программы скрининга новорожденных,— разъяснил Павлов суть происходящего на стенде в беседе с SkReview. — Мы демонстрируем наш основной инструмент — секвенатор следующего поколения, который способен за считанные часы прочитывать участки геномов десятков людей. Совместно с нашим партнером, корпорацией EMC, мы показываем системы хранения и анализа геномных данных, своеобразный геномный сервер, который является составной частью нашего решения. Геномная биология и медицина сегодня — не столько баночки и колбочки, сколько гигантские массивы неструктурированных данных, в которых нужно отыскать заветную букву, а она, в свою очередь, может быть маркером тяжелого заболевания». Впрочем, оговаривается Александр Павлов, разработанное Sequoia genetics решение является не «развлекательной генетикой» для широкого круга пользователей, а первым в мире диагностикумом, который прошел полномасштабные клинические испытания и может быть использован для выявления тяжелых заболеваний у детей и их носительства у пар, планирующих беременность. «На «Открытых инновациях» мы познакомились с несколькими компаниями из числа резидентов, участвовавших в интеграции различных медицинских решений на базе единой платформы в рамках экспозиции «Мобильное здравоохранение». Возможно, у нас сложится продуктивное взаимодействие с такими компаниями, как «Мед@рхив», «Медлайнсофт» и «Карбоновая долина». Они являются агрегаторами данных, а мы — генератором информации. Для интеграции нашего решения в систему здравоохранения оно должно быть окружено некой информационно-аналитической системой, и сейчас мы находимся в поиске ее разработчиков».
Такая система необходима питерским стартаперам для ограниченной клинической апробации разработанного ими диагностического решения. Вероятнее всего, апробация будет проходить в Сибирском федеральном округе. Клинические испытания, проведенные в трех независимых европейских лабораториях, подтвердили эффективность предложенного Sequoia genetics решения для молекулярно-генетической диагностики наследственных патологий.
«По сути, нам одними из первых удалось показать, что такой производительный метод анализа ДНК, как секвенирование следующего поколения (NGS), можно напрямую, без проведения всевозможных подтверждающих исследований, использовать в клинической практике. При создании этого решения мы руководствовались общими, но строгими требованиями, которые предъявляются к разработке диагностикумов для молекулярно-генетического анализа»,— рассказал Александр Павлов.
Разработанная его командой тест-система состоит из набора реагентов, протоколов, специализированного ПО и базы данных и предназначена для выявления у новорожденных трех нарушений обмена веществ: муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии. Диагностика этих заболеваний в первые дни жизни рекомендована Всемирной организацией здравоохранения, является обязательной в России и многих других странах в рамках государственных программ скрининга.
В феврале этого года в Медико-генетическом научном центре Российской академии медицинских наук (МГНЦ РАМН, Москва) Павлов сделал сообщение о планах по разработке диагностического решения на основе методов NGS. «Мы договорились, что результат будет представлен в том же научном учреждении, что и произошло 16 октября в присутствии семи десятков специалистов, причем не только из МГНЦ, но и других организаций. Отрадно, что подходы, которые лежали в основе нашей разработки, были хорошо восприняты специалистами в области медицинской генетики. Мы получили хорошие отзывы о качестве работы, и это позволило нам в очередной раз убедиться, что мы на правильном пути».
Клинические испытания тест-системы прошли этим летом в трех европейских лабораториях: Института молекулярной патологии и иммунологии Университета Порту (IPATIMUP), компании StabVida (Лиссабон) и Центра геномных исследований Университета Ливерпуля (Centre for Genomic Research University of Liverpool, Великобритания). Корреспондента SkReview удивило присутствие в этом списке сразу двух лабораторий из Португалии, которую не принято числить в мировых лидерах в области генетических исследований. «Когда мы начали искать лаборатории, имеющие соответствующую сертификацию и активно использующие этот метод в своей практике, оказалось, что две из них находятся в Португалии. Да, это было несколько неожиданно, — согласился Александр. — Но главное в том, что все три лаборатории имеют надлежащую сертификацию для проведения подобных генетических исследований и уже достаточно долгое время используют секвенаторы следующего поколения в своей рутинной практике. У нас получилось организовать полноценное слепое мультицентровое исследование». Верификация метода проводилась в сертифицированной лаборатории в Швейцарии.
В рамках клинических испытаний в каждую лабораторию было отправлено по 192 образца, они были проанализированы методом, разработанным Sequoia genetics. Чуть больше половины образцов принадлежало людям с клиническим диагнозом, остальные — заведомо здоровы. «Мы деперсонализировали образцы и отправили их в референсные лаборатории. Там, используя наш метод, специалисты снова отсортировали их по двум группам — больные и здоровые. После вскрытия конвертов с описанием образцов и сопоставления результатов были установлены диагностические свойства системы и показано аналитическое превосходство данного метода диагностики. Оказалось, что наше решение позволяет выявлять достаточно интересные случаи генетических изменений, которые до этого момента были чрезвычайно трудоемки для исследования», — рассказал научный руководитель Sequoia genetics.
В планах Sequoia genetics — проведение пилотной клинической апробации, то есть запуск предложенного компанией подхода одновременно с существующим протоколом скрининга новорожденных. В качестве такой базы резидент «Сколково» рассматривает НИИ медицинской генетики СО РАМН в Томске. «У этой организации хорошо налажен скрининг в рамках округа, ведется интенсивная организаторская работа, надеюсь, что коллеги помогут нам консолидировать потоки образцов с тем, чтобы провести параллельные исследования нашим методом», — рассказывает Александр Павлов. По результатам проверки, которая продлится около 6 месяцев, можно будет судить не только о диагностической эффективности метода, но и создать технико-экономическое обоснование целесообразности его внедрения в клиническую практику.